Es necesario recordar, que con Sancho III el Mayor (1000-1035), el reino de Navarra era la principal potencia cristiana. Además, gracias a su política matrimonial, tendrá la hegemonía sobre los restantes territorios. Sin embargo, a su muerte dividirá sus posesiones entre sus descendientes. Este será el punto de inflexión del poder navarro, pues, en los siglos siguientes, la aparición de reinos más grandes frenará su expansión hacia el sur.
En este sentido, hacia el 1200 perdió Álava y Guipúzcoa frente a Castilla. Ahora bien, eso no impidió que, en el año 1212, Sancho VII "El Fuerte" participase junto al rey castellano en la decisiva batalla de las Navas de Tolosa. Fue la muerte de este monarca la que provocará la subida al trono de una dinastía de origen francés. Así, en 1234 Teobaldo I, conde de Champaña y Brie, se convierte en rey de Navarra. Se inició entonces una reorganización territorial basada en merindades, al tiempo que se redactaba el Fuero General de Navarra en el año 1237. Finalmente, a partir de la guerra de la Navarrería del 1276, el reino de Navarra estará completamente ligado a los asuntos franceses.
Sin embargo, en el siglo XV dos facciones enfrentadas, agramonteses y beamonteses, se enzarzarán en una guerra civil por cuestiones sucesorias que terminaría provocando la definitiva invasión castellana de 1515. Sin embargo, el reino continuó existiendo en la zona de Ultrapuertos, al no poder ser ocupada por la Monarquía Hispánica.