El sistema canovista beneficiaba a los dos grandes partidos, el Liberal y el Conservador, dejando fuera del juego político a otros grupos y fuerzas. Este hecho, unido a una fuerte centralización del Estado, provocó que ciertos movimientos nacionalistas dentro del Estado tomaran fuerza.
Los principales serían los nacionalismos de Cataluña, Galicia y el País Vasco. Defendían la reivindicación de su lengua y su cultura, también un pasado histórico, y ciertas costumbres o tradiciones propias.
- En Cataluña se impulsó el movimiento conocido como la Renaixença, que reivindicaba la cultura y la lengua catalanas. Ese impulso llevó al surgimiento de organizaciones políticas como la Unió Catalanista o la Lliga Regionalista.
- En Galicia, el Rexurdimento fue un movimiento básicamente cultural que mantuvo vivo el galleguismo durante esta etapa.
- En el País Vasco, tras la derrota de los carlistas y la abolición de los fueros, se generó un gran clima de protesta que derivó en la fundación, por parte de Sabino Arana, del Partido Nacionalista Vasco en 1894.
Por otro lado, estaba el republicanismo. Durante la Restauración fue un movimiento que estuvo completamente divido, en gran parte por rencillas personalistas de los líderes republicanos y expresidentes de la Primera República, como Pi i Margall, Castelar o Salmeron. Sus bases políticas se asentaban en la creencia de que la monarquía no representaba la paz, la modernidad ni el progreso. Defendían el laicismo del Estado, la educación pública, impuestos progresivos e, incluso, el servicio militar obligatorio. Como forma de Estado defendían una república federal ibérica (Iberismo), es decir, la unión de España y Portugal.
Y, por último, los carlistas fueron derrotados definitivamente tras la tercera guerra carlista en febrero de 1876. Tras los sitios de Bilbao o Pamplona, así como las las derrotas en Montejurra o Treviño, el último baluarte carlista caía con la rendición del castillo de Lapoblación el 2 de marzo de 1876.
